phủ Tây Ninh trong bản đồ tỉnh Gia Định thời Pháp xâm chiếm 3 tỉnh miền Đông Nam Kỳ năm 1865.

Năm 1802, vua Gia Long lên ngôi, đồng thời đổi tên phủ Gia Định thành trấn Gia Định. Năm 1808, trấn Gia Định đổi lại đổi là thành Gia Định, gồm có 5 trấn là Phiên An, Biên Hòa, Vĩnh Thanh, Định Tường và Hà Tiên. Năm 1832, vua Minh Mạng định tiếp tục tổ chức hành chánh ở Gia Định, từ 5 trấn chia thành 6 tỉnh gồm có Phiên An tỉnh thành (tức trấn Phiên An cũ), Tỉnh Biên Hòa (trấn Biên Hòa cũ), Tỉnh Định Tường (trấn Định Tường cũ), Tỉnh Vĩnh Long (trấn Vĩnh Thanh cũ), Tỉnh An Giang, Tỉnh Hà Tiên. Lúc bấy giờ, vùng đất Tây Ninh thuộc Phiên An tỉnh thành[6]. Năm 1838, vua Minh Mạng đổi Phiên An tỉnh thành là tỉnh Gia Định gồm có 3 phủ, 7 huyện. Các phủ là Phủ Tân Bình có 3 huyện, Phủ Tân An có 2 huyện, Phủ Tây Ninh có 2 huyện là: huyện Tân Ninh và huyện Quang Hóa.

Phủ Tây Ninh: phía Bắc giáp Cao Miên (qua núi Chiêng, tức núi Bà Đen), phía Đông giáp huyện Bình Long phủ Tân Bình, phía Nam giáp huyện Bình Dương phủ Tân Bình và huyện Cửu An phủ Tân An, nguyên là đạo Quang Phong. Năm Minh Mạng thứ 19 (1838), bỏ đạo lập phủ với tên gọi phủ Tây Ninh, quản lý 2 huyện (với 7 tổng có 56 làng xã):

• Huyện Tân Ninh, lỵ sở kiêm phủ thành nằm ở thôn Khang Ninh (nay thuộc thị xã Tây Ninh), phía Bắc giáp Cao Miên (qua núi Chiêng), phía Đông giáp giáp huyện Bình Long phủ Tân Bình, phía Nam giáp huyện Bình Long phủ Tân Bình và huyện Quang Hóa cùng phủ Tây Ninh, phía Tây giáp huyện huyện Kiến Hưng tỉnh Định Tường và giáp nước Cao Miên. Huyện Tân Ninh, được đặt ra năm Minh Mạng thứ 17 (1836), theo Đại Nam nhất là quản lý 2 tổng (nhưng có lẽ là 3 tổng), là tổng Hàm Ninh Thượng và tổng Kiếm Hoa với 24 làng xã[7]. Phần đất huyện Tân Ninh phủ Tây Ninh nhà Nguyễn nay có thể là địa phận phía Bắc của tỉnh Tây Ninh ngày nay (tức năm 2011) (thành phố Tây Ninh, huyện Tân Biên, huyện Châu Thành,...), và có thể bao gồm cả một phần đất phía Bắc của tỉnh Svay Rieng (khúc giữa tỉnh Svay Rieng) Campuchia, vì mô tả trên theo Đại Nam nhất thống chí: Tân Ninh còn tiếp giáp với cả huyện Kiến Hưng phủ Kiến An tỉnh Định Tường nhà Nguyễn, vốn chỉ nằm bên bờ Tây sông Vàm Cỏ Tây, cách địa bàn tỉnh Tây Ninh ngày nay (phần từng là đất huyện Tân Ninh) qua địa bàn tỉnh Svay Rieng. Năm 1890, sau khi lập Liên bang Đông Dương, người Pháp trích một phần đất hạt Tây Ninh (hạt Tây Ninh nguyên là toàn bộ phủ Tây Ninh) là phần đất dọc theo rạch Ngã Bát cho Campuchia thuộc Pháp, trong đó có lẽ gồm cả phần đất tỉnh Svay Rieng (tức tỉnh Soài Riêng) đề cập đến ở trên. Các bản đồ của người Pháp thể hiện xứ Nam Kỳ thuộc Pháp, vẽ với kỹ thuật Tây phương khá chính xác, vào các năm 1872 và 1886 (trước khi thành lập Liên bang Đông Dương năm 1887) đều thể hiện "vùng lồi" Svay Rieng thuộc đất Nam Kỳ (Cochinchine).
• Huyện Quang Hóa, phía Bắc giáp huyện Tân Ninh cùng phủ Tây Ninh, phía Đông giáp huyện Tân Ninh, phía Nam giáp huyên Tân Ninh và huyện Cửu An phủ Tân An, phía Tây giáp huyện Kiến Hưng phủ Kiến An tỉnh Định Tường nhà Nguyễn. Lỵ sở trước đặt ở thôn Cẩm Giang sau chuyển sang thôn Long Giang, quản lý 4 tổng (Hàm Ninh Hạ (Ham Ninh Ha tong), Mộc Hóa (Moc Hoa tong), Giải Hóa (Giải Hoa tong), Mỹ Ninh (Mi Nin tong)) với 32 làng xã[7]. Đất huyện Quang Hóa phủ Tây Ninh nhà Nguyễn nay có thể là địa phân các huyện phía Nam tỉnh Tây Ninh (như Bến Cầu, Gò Dầu, Trảng Bàng,...), các huyện Đông Bắc tỉnh Long An (như Đức Huệ, Hậu Nghĩa, Mộc Hóa[8],...) và phần phía Nam của tỉnh Svay Rieng Campuchia.

Theo Đại Nam thực lục thì vào khoảng tháng 3 âm năm 1845, Cao Hữu Dực (quyền Tuyên phủ sứ Tây Ninh) cho chiêu mộ dân trong phủ Tây Ninh lập ra 26 thôn làng: Tiên Thuận, Phúc Hưng, Phúc Bình, Vĩnh Tuy, Phúc Mỹ, Long Thịnh, Long Khánh, Long Giang, Long Thái, An Thịnh, Khang Ninh, Vĩnh An, An Hòa, Gia Bình, Long Bình, Hòa Bình, Long Định, Phú Thịnh, Thái Định, Hòa Thuận, An Thường, Thuận Lý, Thiên Thiện, Hướng Hóa, Định Thái, Định Bình, đều thuộc phủ Tây Ninh. Vua Thiệu Trị phê chuẩn quyết định này.[9]

Năm 1861, Sau khi thực dân Pháp chiếm Tây Ninh, việc cai quản ở 2 huyện được thay thế bằng 2 Đoàn Quân sự đặt tại Trảng Bàng và Tây Ninh. Năm 1868, hai đoàn Quân sự được thay thế bằng hai Ty Hành chánh. Sau nhiều lần thay đổi, năm 1897 Tây Ninh gồm có 2 quận là Thái Bình, Trảng Bàng, trong đó có 10 tổng, 50 làng.

Bản đồ hành chính hạt Tham biện Tây Ninh của Nam Kỳ thuộc Pháp khoảng năm 1896-1898.Phường 3, thành phố Tây Ninh

Ngày 1 tháng 1 năm 1900, Toàn quyền Paul Doumer cho áp dụng nghị định ký ngày 20 tháng 12 năm 1899 đổi các khu tham biện (inspections) là tỉnh (province). Thời Pháp thuộc, Nam Kỳ được chia làm 20 tỉnh để cai trị và sau đó Cap St. Jacques (Vũng Tàu) tách ra thành tỉnh thứ 21. Tây Ninh lúc đó là tỉnh thứ 12.

“	Gia, Châu, Hà, Rạch, Trà Sa, Bến,Long, Tân, Sóc Thủ, Tây, Biên, Mỹ, Bà. Chợ, Vĩnh, Gò, Cần, Bạc và Cấp (Vũng Tàu)	”
— Thơ về các Tỉnh

Ngày 9 tháng 12 năm 1942, Thống đốc Nam kỳ ban hành Nghị định 8345 ấn định ranh giới Tây Ninh. Sau Cách mạng Tháng Tám tỉnh Tây Ninh vẫn giữ nguyên ranh giới cũ. Năm 1950, cắt một phần đất của xã Thái Hiệp Thạnh cũ thành lập thị xã Tây Ninh, nhưng do chưa đủ điều kiện hoạt động nên sau đó giải thể. Sau hiệp định Giơnevơ năm 1954, thành lập lại Thị xã Tây Ninh trên địa bàn cũ, do Võ Văn Truyện làm Bí thư Đảng kiêm Chủ tịch Uỷ ban hành chính.

Năm 1957, tỉnh Tây Ninh chia thành 3 quận gồm có Châu Thành, Gò Dầu Hạ, Trảng Bàng. Năm 1959, quận Châu Thành chia thành 2 quận Phước Ninh và Phú Khương; quận Gò Dầu Hạ chia thành 2 quận Hiếu Thiện và Khiêm Hanh. Năm 1961, quận Trảng Bàng đổi tên thành quận Phú Đức. Năm 1963, quận Phú Đức được giao cho tỉnh Hậu Nghĩa và đổi lại tên cũ là Trảng Bàng. Từ đó đến năm 1975, tỉnh Tây Ninh có 4 quận:

• Quận Phước Ninh có 15 xã; quận lỵ đặt tại Bến Sỏi, sau dời đến ngã ba Tầm Long.
• Quận Phú Khương có 11 xã; quận lỵ đặt tại Suối Đá, sau dời đến chợ Long Hoa.
• Quận Hiếu Thiện có 15 xã; quận lỵ đặt tại Gò Dầu Hạ.
• Quận Khiêm Hanh có 5 xã; quận lỵ đặt tại Bàu Đồn.

Sau năm 1975, tỉnh Tây Ninh có thị xã Tây Ninh và 7 huyện: Bến Cầu, Châu Thành, Dương Minh Châu, Gò Dầu, Phú Khương, Tân Biên, Trảng Bàng.

Ngày 14 tháng 3 năm 1979, đổi tên huyện Phú Khương thành huyện Hòa Thành.[10]

Ngày 13 tháng 5 năm 1989, tách một phần các huyện Tân Biên và Dương Minh Châu để thành lập huyện Tân Châu.[11]

Ngày 29 tháng 12 năm 2013, Chính phủ ban hành Nghị quyết 135/NQ-CP thành lập thành phố Tây Ninh trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của thị xã Tây Ninh.[12]

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban thường vụ Quốc hội thông qua Nghị quyết số 865/NQ-UBTVQH14 thành lập thị xã Hòa Thành và thị xã Trảng Bàng trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của hai huyện Hòa Thành và Trảng Bàng.[13]

Tỉnh Tây Ninh có 1 thành phố, 2 thị xã và 6 huyện như hiện nay.